โรงพยาบาลมุกดาหารมีห้องพิเศษไว้บริการทั้งหมด 76 ห้อง  แยกเป็น

1. ห้องพิเศษอาคารเฉลิมพระเกียรติ ๗๒ พรรษา(อาคาร 5 ชั้น)  จำนวน 60 ห้อง

     1.1  ห้องพิเศษชั้นที่ 1 จำนวน 12 ห้อง  รับผู้ป่วยสาขาอายุรกรรม
     1.2  ห้องพิเศษชั้นที่ 2 จำนวน 12 ห้อง  รับผู้ป่วยสาขาศัลยกรรม
     1.3  ห้องพิเศษชั้นที่ 3 จำนวน 12 ห้อง  รับผู้ป่วยสาขากุมารเวชกรรม
     1.4  ห้องพิเศษชั้นที่ 4 จำนวน 12 ห้อง  รับผู้ป่วยสาขาสูติ-นรีเวชกรรม
     1.5  ห้องพิเศษชั้นที่ 5 จำนวน 12 ห้อง  รับผู้ป่วยทุกสาขา
2. ห้องพิเศษ อาคาร ๕๘ พรรษาเฉลิมราชกุมารี (อาคาร 10 ชั้น) จำนวน  16 ห้อง ประกอบด้วย

     2.1  ห้องพิเศษ VIP  จำนวน  14  ห้อง
     2.2  ห้องพิเศษ Supper VIP จำนวน 2 ห้อง